大規模生体分子に対する大規模量子化学計算プログラムOpenFMOの超並列化
九州大学数値解析セミナー
開催期間
2012.1.24(火)
15:30 ~ 17:00
15:30 ~ 17:00
場所
九州大学伊都キャンパス 総合学習プラザ1階 工学部第5講義室
講演者
稲富 雄一 (九州大学 情報基盤研究開発センター)
概要
フラグメント分子軌道(FMO)法は, 大規模生体分子に対する量子力学に
基づいた第一原理電子状態計算を行うために開発された並列処理向き
の計算手法である. FMO計算は創薬等の分野での応用が期待されている
が, 多くの分子に対する計算が必要となるため, 超並列処理による高
速化が望まれている. そこで, 我々は超並列処理によるFMO計算のスルー
プット向上のために, 九大などで開発されている並列FMOプログラム
OpenFMOを用いて, 数万～数10万並列実行時に効率的な計算を行うため
の最適化を行っている. 本講演では, その最適化の現状, および, 見
通しについて述べる.